Este entorno natural cuenta con dos figuras de protección bajo normativa europea, EPRN 2000 LIC (lugar de interés comunitario) /ZEC&ZEPA (zona especial protección de aves) - ES2430105 - Hoces del río Mesa.  Dispone de un Plan básico de gestión y conservación elaborado por el Gobierno de Aragón, cuyo objetivo general es garantizar un estado de conservación favorable de la biodiversidad de la zona, tanto de los hábitats, como de las poblaciones de especies, prestando atención a su compatibilización con los usos agrarios tradicionales, la gestión forestal y el uso público.

Los objetivos a conservar son:

Avifauna. Los cortados del entorno constituyen una importante área de nidificación para un gran número de aves. Desde el punto de vista ornitológico, se trata de una zona de gran interés ya que alberga una de las más importantes colonias de Buitre Leonado (Gyps fulvus) de la Península Ibérica que tiene continuidad con el tramo superior del río, ya en Guadalajara, pero además hay presencia de Águila Real (Aquila chrysaetos), Alimoche (Neophron percnopterus), Halcón Peregrino (Falco peregrinus) y Buho Real (Bubo bubo). Igualmente son de interés las poblaciones de Collalba negra (Oenanthe leucura), Chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax), y abundantes Curruca rabilarga (Sylvia undata) y Cogujada montesina (Galerida theklae).

Fauna terrestre. Además de aves es fácil el avistamiento de otros animales como corzos o cabras montesas, que recorren todo el territorio en libertad, y se acercan al río en busca de agua.

Fauna piscícola, muy abundante en las aguas puras y limpias del río Mesa que ofrece tramos libres de pesca. Las características del agua debidas  a los aportes realizados por los manantiales hacen que resulten además  el hábitat ideal para el desarrollo de un molusco endémico de Jaraba, denominado Melanopsis praemorsa, especialmente protegido.

Flora. En el fondo del valle aparecen depósitos aluviales poco desarrollados aprovechados para el asentamiento de franjas laterales con bosques galería en los que predominan álamos blancos (Populus alba), chopos (Populus nigra) y sauces (Salix alba).

En las sierras laterales predomina un mosaico de matorrales en diferentes grados de madurez y cubrimiento, destacando las formaciones de sabinas (Juniperus phoenicea) y romero (Rosmarinus officinalis). El pastoreo ha sido una actividad destacada siendo importante en todo el sector y condicionando la progresión del matorral.

Las repoblaciones forestales de pino carrasco (Pinus halepensis) poco integradas en el medio pueblan amplios sectores de la parte noroccidental.

Las Hoces del río Mesa fue el primer espacio de la comunidad aragonesa declarado “Espacio de Interés Turístico de Aragón” (EITA-1), en el año 2006 (BOA 02/08/2006) debido “a su extraordinaria singularidad y valor, que potencian el atractivo turístico de los municipios de Jaraba y Calmarza, incrementando su capacidad de atracción de visitantes por el interés natural que poseen”.

Este espacio es contiguo o solapa con otras figuras de protección e instrumentos de planificación, como el Lugar de Interés Geológico LIG   ARA072.  Cañón y manantiales del río Mesa y termalismo de Jaraba, que destaca tres intereses principales:

Hidrogeológico: Existencia de 20 manantiales a lo largo del río Mesa con un caudal de entre 300 y 600 l/s y una temperatura que oscila entre 32 y 37ºC, considerados los más importantes de la Cordillera Ibérica. Están situados a favor del río más importante, así que llevan asociado un control estructural del flujo y de ahí el gran caudal que presentan

Geomorfológico: Cañón del río Mesa de unos 2,5 km de longitud de paredes verticales formadas sobre materiales calizos del Cretácico, en el que se localiza un conjunto de manantiales de aguas termales

Minero-medicinal:  Aguas termales medicinales aprovechadas por balnearios, mientras que las captaciones de agua fría del río Mesa son aprovechadas por plantas embotelladoras

Este entorno natural y sus desfiladeros encajados con paredones rocosos nos permite contemplar las manifestaciones naturales y culturales de este sector de la Ibérica, donde el hombre ha sabido adaptarse desde la antigüedad hasta nuestros días. Encontramos dos grandes hoces:

Cañón del Rio Mesa. El río Mesa, entre los municipios de Calmarza y Jaraba, abre esta hoz de unos 6 kilómetros, de paredes verticales. La geología de la zona con abundantes materiales calcáreos condiciona en gran medida un paisaje en el que el agua superficial es prácticamente inexistente, imitándose al pequeño cauce del río, que en las inmediaciones de Jaraba se enriquece con el agua proveniente de los más de 80 manantiales contabilizados en la zona.

Barranco de la Hoz Seca. Situado en la margen derecha del rio Mesa se abre un desfiladero de unos 10 km de longitud, formado por altos murallones de roca de gran belleza y riqueza paisajística, resultado de la acción del agua sobre la roca caliza en la Era Secundaria. También denominado “Cañada de Campillo”, este barranco permite al visitante que se adentra en él descubrir un rico y variado paisaje etnográfico y cultural, formado por antiguos corrales ganaderos ubicados en las cavidades de la propia roca, antiguas caleras u hornos de cal, y también unas pinturas rupestres de más de 7.000 años de antigüedad en Roca Benedí.

Las características físicas del territorio lo hacen apto para la práctica de actividades deportivas como la escalada, con varias zonas adaptadas, cicloturismo, y también para el disfrute y ocio en paseos en contacto con la naturaleza, senderismo y observación de la rica avifauna y flora local.

Escalada. Las magníficas paredes calizas son una excelente zona para la práctica de este deporte. Existen numerosas vías de escalada, en general exigentes en cuanto a técnica y resistencia, de dificultad media-alta, predominando las vías de sexto grado.

Senderismo. El entorno natural de Jaraba está surcado por una red de senderos señalizados que recuperan itinerarios tradicionales, y permiten el disfrute de la naturaleza y el patrimonio municipal